В феврале 1988 года Совет НКАО обратился к Верховным Советам СССР, Азербайджана и Армении с просьбой дать разрешение на передачу Карабаха из состава Азербайджана в состав Армении. В поддержку в Армении состоялись массовые демонстрации, азербайджанцы в ответ устроили армянские погромы в городе Сумгаит при полном попустительстве властей.

13 июня 1988 года официальный Баку отказал обращению облсовета НКАО; двумя днями позже Ереван принял противоположное решение. 12 июля 1988 года карабахцы приняли решение о выходе из состава Азербайджана и воссоединении с Арменией. Верховный Совет АзССР в тот же день признал это решение недействительным, однако к этому времени НКАО разорвала все экономические и политические связи с Баку.

Через месяц после августовского путча 1991 года, 21 сентября, армянский народ проголосовал на независимость от СССР. Независимость Нагорно-Карабахской Республики (НКР) была провозглашена раньше — 2 сентября. Вернуть Карабах Азербайджану могли уже только войска. Армии НКР удалось не только отвоевать большую часть своей территории, но и захватить и контролировать приграничные азербайджанские районы. 12 мая 1994 года был подписан договор о прекращении огня. Армения в это время находилась в катастрофическом положении: разрушительное землетрясение декабря 1988 года нанесло сильный урон во всех сферах хозяйства; азербайджанская блокада с 1989 года парализовала страну. Пережив годы блокады и разрухи, Армения постепенно начала приходить в себя.

В октябре 1991 года граждане Армении выбрали Левона Тер-Петросяна своим первым президентом. После победы Армении в Карабахской войне Азербайджан и Турция закрыли свои границы с Арменией и тем самым установили блокаду, продолжающуюся по сей день. Эти события негативно повлияли на экономику молодой республики и перекрыли ее основные пути связи с Европой. В феврале 1998 года Левон Тер-Петросян был вынужден подать в отставку.

В 1998 году к власти пришел Роберт Кочарян. 27 октября 1999 года произошел террористический акт в армянском парламенте, унесший жизни премьер-министра, спикера парламента и еще 5 человек. В апреле 2008 года на пост президента вступил Серж Саргсян.